Der Ort wuchs und gegen Ende des 3. oder 4. Jahrhunderts stand an der Stelle der heutigen Kirche ein Kastell zur Sicherung. Aus "Bedaium" wurde im Mittelaltel "Potena" und schließlich das mittelalterlich-bayerische "Prucca". Seebruck wird zum ersten Mal 924 genannt und stand bis zur Säkularisation unter der Herrschaft des Klosters Frauenchiemsee.
Auf dem Platz des ehemaligen römischen Kastells steht heute die Kirche St. Thomas und St. Stephan (1474).
Funde aus der römischen Herrschaftszeit sind im Römermuseum "Bedaium", gleich neben der Kirche, ausgestellt.