Das Kloster wurde ab 1130 Stift der Augustiner-Chorherren,  später Domkapitel des Bistums Chiemsee. Seine Blütezeit erlebte der Stift im 15. Jahrhundert. 1803 machte auch hier die Säkularisierung nicht Halt: Im ehemaligen Langhaus der Klosterkirche wurde eine Brauerei eingerichtet, die ehemaligen Klostergebäude zum (Alten) Schloss Herrenchiemsee umgebaut. Es folgten verschiedene Besitzer, bis Ludwig II. 1873 die ganze Insel erwarb, um hier sein "Neues Schloss" zu errichten. Im August 1948 tagte im Konventstock des Alten Klosters der Verfassungskonvent zur Vorbereitung des Grundgesetzes für die Bundesrepublik Deutschland.